Kodaň sa nachádza na východnom pobreží ostrova Sjaelland, čiastočne na ostrove Amager a na rade prírodných a umelých ostrovčekov medzi nimi. Na východnej strane Kodane sa nachádza Sundský prieliv (po dánsky Öresund), ktorý oddeľuje Dánsko od Švédska, a ktorý spája Severné more s Baltským morom. Švédske mestá Malmö a Landskrona ležia na švédskej strane prielivu, priamo oproti Kodani. Kodaň je spojená s mestom Malmö Öresundským mostom, ktorý má 16 km.