Vznik Kodane je tradične datovaný do obdobia začiatku 12. storočia. Mnoho historikov sa domnieva, že mesto vzniklo v neskorom vikinskom období a bolo pravdepodobne založené Svenom I. Od polovice 12. storočia význam Kodane rástol, najmä keď sa dostala do majetku biskupa Absalona, ktorý ju dal opevniť v roku 1167. Vynikajúci prístav pomáhal Kodani k rastu, až kým sa nestala významným centrom obchodu. Ani napriek tomu sa však Kodaň nestala hlavným mestom krajiny až do polovice 15. storočia. Až v roku 1445 sa z Kodane stalo hlavné mesto Dánska a sídlo kráľovskej rodiny.
Na konci 16. storočia začal obchod v Kodani prekvitať a samotné mesto sa rozširovalo. Medzi novými postavenými budovami boli Borsen (burza), kostol Holmens, kostol Trinitatis s priľahlou slávnou Okrúhlou vežou a zámok Rosenborg (dnes múzeum kráľovskej rodiny). Počas vojen so Švédskom v rokoch 1658–60 bola Kodaň obliehaná. Požiare v rokoch 1728 a 1795 zničili mnoho domov a budov a v roku 1807 bolo mesto bombardované Britmi. V rokoch 1848 – 1849 sa Dánsko stalo monarchiou. Hradby boli strhnuté v roku 1856. Namiesto nich začali vyrastať priemyselné zóny, ale aj ubytovne pre chudobných. Počet obyvateľov v 19. storočí presiahol 400 000. Odvtedy sa mesto ešte rozšírilo a začlenilo mnoho priľahlých okresov. Christianborg sa v roku 1918 stal sídlom vlády a parlamentu. Počas druhej svetovej vojny bolo Dánsko okupované nemeckou armádou a mesto utrpelo značné škody. Dánsky parlament v roku 1943 rezignoval a tým sa Dánsko stalo súčasťou nemeckej ríše. Napriek tomu existovali skupiny, ktoré odporovali režim a proti Nemecku bojovali formou odporu. Krátko po skončení vojny sa vyvinul inovačný rozvojový projekt pre Kodaň, ktorého implementácia sa začala už v roku 1947.