V Pezinku vyše desať rokov stála na čele verejnej kampane proti povoleniu ďalšej skládky odpadu, ktorá by znečistila pôdu, vzduch a vodu v meste a okolí. Zápas proti skládke vyvrcholil v roku 2013, keď Najvyšší súd SR rozhodol, že nová povolená skládka bola nezákonná. Tento verdikt nadväzoval na rozhodnutie Súdneho dvora Európskej únie, ktorý potvrdil právo verejnosti na účasť pri rozhodovaní v záležitostiach, ktoré ovplyvňujú životné prostredie. Súdny dvor EÚ spresnil viaceré dovtedy sporné právne otázky na uvedenej kauze, ktoré sú dnes záväzné pre celú Európsku úniu. Za líderstvo v kauze Pezinská skládka bola Zuzana Čaputová v roku 2016 ocenená udelením prestížnej Goldmanovej environmentálnej ceny.
Zuzana Čaputová sa ako programová riaditeľka VIA IURIS angažovala aj v tom, aby boli Mečiarove amnestie zrušené, keď pracovala na dovtedy najväčšej podpisovej akcii v dejinách Slovenska – internetovú petíciu za zrušenie amnestií. Dňa 27. marca 2017 bolo do Národnej rady SR odovzdaných 76 831 podpisov pod túto petíciu.