Na tlačovej konferencii 29. mája 2018 ohlásila svoju kandidatúru na post prezidenta SR vo voľbách v roku 2019. Jedným z dôvodom jej kandidatúry bola vražda Jána Kuciaka a Martiny Kušnírovej. Prvé kolo voľby prezidenta uskutočnené 16. marca vyhrala so ziskom 40,57 percenta hlasov a postúpila do druhého kola. Jej protikandidátom bol eurokomisár Maroš Šefčovič, ktorý dostal 18,66 percenta hlasov. V druhom kole prezidentskej voľby zvíťazila so ziskom 1 056 582 hlasov (58,40 %) zúčastnených voličov a 36 víťazných územných obvodov. Protikandidát Maroš Šefčovič presvedčil 752 403 (41,59 %) voličov a 13 územných obvodov. Z krajov získal len Prešovský kraj. Vo voľbách nepovažovala svoje pohlavie za hendikep.
Volebný program Zuzany Čaputovej z 5 hlavných bodov: