Začiatky anime siahajú do doby tesne po vzniku veľkých amerických štúdii ako Walt Disney. Vyvíjalo sa však pomalšie, čo bolo dané hlavne japonským konzervativizmom a teda neochotou experimentovať s novým druhom umenia.
Rozmach anime nastal po druhej svetovej vojne a spája sa hlavne s menom továrenského robotníka Osamu Tezuka. V roku 1947 prišiel s kresleným románom Šin takaradžima a v roku 1963 potom s medzinárodne presláveným animovaným seriálom Tecuwan Atom, v zahraničí známym ako Astro Boy. V týchto dvoch dielach vyvinul nový štýl animácie aj príbehu, oboje odlišné od západných štúdií (v animácii je to hlavne použitie veľkých hláv, očí a tvárí, ktoré vyjadrujú veľkú škálu emócií; v príbehu potom rozvoj postáv dovtedy známy len v hraných seriáloch – postavy starnú a podobne).
V 70. rokoch sa anime ďalej prudko rozvíja a vytvára si svoje jedinečné prvky. Jedným z nich je objavenie "mechov" (obrovských bojových robotov) – najznámejší seriál je Mazinger Z. V tejto dobe sa tiež prehlbuje charakterizácia postáv (kladní hrdinovia so zápornými vlastnosťami). Najznámejším seriálom, ktorý spájal tieto dva prvky je Mobile Suit Gundam.
V 80. a 90. rokoch vznikajú mnohé známe seriály, z ktorých niektoré vychádzajú dodnes. Známe sú Ramna 1/2, Inuyasha alebo Dragon Ball. Rozvoj nových štýlov viedol k vzniku anime pre dospelých – hentai (kreslená pornografia). V tejto dobe vznikli aj dva filmy považované za míľniky žánru. V roku 1988 vyšiel apokalyptický film Akira o motocyklovom gangu v zničenom Tokiu a boji vlády proti hnutiam odporu. Masamune Širó vydal v roku 1995 kultový film z kyberpunkového prostredia Ghost In The Shell; akčno-filozofický príbeh o prenasledovaní hackera menom Puppet Master, umelej inteligencii a otázke, kde v dobe rozvinutej techniky končí človek a začína stroj.
V súčasnosti anime pokračuje v rozvoji; vychádzajú nové seriály, existuje dokonca Oscarom ocenený film Cesta do fantázie.