Príbeh začína pilotovou spomienkou, keď bol ešte šesťročným nevinný dieťaťom a v knižke o pralese videl obrázok veľhada kráľovského, ako prehĺta zviera. Tento obrázok ho inšpiroval a nakreslil zatvoreného hada, ktorý zjedol slona. Ukázal svoj výtvor dospelým, ale tí ho nepochopili. Pýtal sa ich, či im kresba naháňa strach. Odpovedali mu: „Prečo by nám mal klobúk naháňať strach?" Preto ho nakreslil ešte raz, ale tentokrát vnútrajšok hada, aby to dospelí pochopili. Ani tentoraz sa ho dospelí nebáli, znova to nepochopili, tak sa vzdal svojej maliarskej kariéry a začal sa venovať letectvu.
Ako dospelému mužovi sa mu počas letu pokazilo lietadlo a musel pristáť na púšti Sahara v Afrike. Nakoľko so sebou nemal ani mechanika, ani cestujúcich chystal sa opraviť motor lietada sám. Prvú noc pilot prespal na piesku až dokým ho na svitaní zobudil čudný hlások. Objavil sa pri ňom malý chlapec – Malý princ. Chcel aby mu nakreslil ovečku, tak pilot kreslil. Malý princ bol kritický na pilotové kresby, preto sa mu nakreslil debničku a povedal, že ovečka, akú chce, je v nej. Chlapček sa veľmi potešil. Neskôr sa pilot dozvedá viac o zvláštnom chlapčekovi, ktorého domovom je malá planétka B 612. Na ňom má pyšnú ružu so štyrmi tŕňmi a nechce aby mu ju jeho nová ovečka zjedla. Povedal mu o svojich dvoch činných a jednej vyhasnutej sopke, ktoré každý deň vymetá. Rozprával mu o svojej ceste cez šesť asteroidov, na ktorých žili kráľ, márnivec, pijan, biznismen, lampár a zemepisec, až sa dostal na ku jeho poslednej zastávke- planéta Zem.
Dostal sa na púšť do Afriky. Stretol hada, líšku a kvetiny, ktorých sa pýtal na ľudí a ako to tu chodí. Vyšiel na vysoké vrchy, spoznal ozvenu. Dostal sa do záhrady plnej kvetín, ako mal aj on na svojej planétke. Začal ľutovať svoju ružu, ktorá si myslí, že je sama na svete. Bol sklamaný, že jeho ruža nie je tak jedinečná ako si myslel. Onedlho stretol líšku. Líška naučila princa, čo je to priateľstvo, vytrorili si puto. Po rozlúčení s líškou, Malý princ putuje ďalej. Stretáva výhybkára a obchodníka.
Potom sa vydali pilot aj Malý princ hľadať studňu, pretože boli veľmi smädní. Po dlhšom hľadaní ju našli a napili sa. Malý princ ostal pri studni, ale pilot sa vrátil opraviť lietadlo. Na druhý deň, keď sa pilot vracal zbadal, že sa Malý princ rozpráva s hadom. Rýchlo ho odohnal. Vzal chlapca na ruky, on však chcel ísť sám. Pilot zastal a zrazu zbadal žltý záblesk tesne vedľa nohy Malého princa. Bol to ten istý had a Malého princa uštipol. Chlapec začal pomaly a ticho padať. Malý princ zomrel. O šesť rokov po tom pilot premýšľal, čo sa stalo s malým princom. Robil si starosti, či jeho ružu nezjedla ovečka. Či náhodou nevybuchli jeho sopky. Vedel však, že pre žiadneho dospelého to nie je také dôležité ako pre neho.