Založenie klubu
Bayern Mníchov bol založený v roku 1900 členmi Mníchovského gymnastického klubu. Klub hral svoje prvé zápasy v oblastnej Bavorskej lige. Prvý úspech prišiel v roku 1926, kedy Bayern Mníchov vyhral Majstrovstvá južného Nemecka, úspech zopakoval o dva roky neskôr. Prvú národnú trofej Bayern Mníchov získal v roku 1932, keď v rozhodujúcom zápasom ligového ročníka zdolal Eintracht Frankfurt 2:0. Príchod Hitlerovho režimu dal náhly koniec vývoju Bayernu. Prezident a tréner, ktorí boli obaja židovského pôvodu opustili Nemeckú ríšu. V najbližších rokoch sa preto Bayern Mníchov prezýval Klub Žida.
1950te roky
Po vojne sa Bayern Mníchov stal členom južnej konferencie nemeckej prvej divízie Oberliga-Süd. Klub vtedy patril medzi lepšie tímy. Koncom päťdesiatych rokov prišli finančné problémy. Továrnik Roland Endler poskytoval Bayernu Mníchov množstvo finančných prostriedkov a bol odmenený štyrmi rokmi pri kormidle klubu. V roku 1963 sa všetky Oberligy spojili do jednej národnej súťaže, Bundesligy. Do základnej zostavy sa začali presadzovať mladé talenty ako Franz Beckenbauer, Gerd Müller alebo Sepp Maier, ktorí sa potom stali najväčšími hviezdami klubu.
1960te roky
V prvej bundesligovej sezóne Bayern Mníchov skončil tretí a vyhral Nemecký pohár. Kvalifikoval sa do Pohára víťazov pohárov, ktorý v nasledujúcom roku vyhral. V dramatickom finále proti škótskemu Glasgow Rangers skóroval v predĺžení Franz Roth, Bayern Mníchov vyhral 1:0. V roku 1967 prevzal tím tréner Branko Zebec a Bayern Mníchov získal svoj prvý double.
1970te roky
V roku 1970 prevzal tím tréner Udo Lattek. Po získaní pohára v jeho prvej sezóne viedol Bayern Mníchov k ich tretiemu ligovému titulu. Rozhodujúci zápas sezóny 1971/72 proti FC Schalke 04 bol prvý zápas hrajúci sa na novom Olympijskom štadióne a bol zároveň prvým naživo vysielaným zápasom bundesligovej histórie. Bayern Mníchov zdolal Schalke 5:1. Bayern Mníchov vyhral ďalšie dva ligové ročníky, ale vrchol nastal v roku 1974, keď vo finále PMEK Bayern porazil Atlético Madrid 4:0. V nasledujúcej sezóne Bayern Mníchov obhájil víťazstvo v Lige majstrov proti Leeds United AFC. O rok neskôr v Glasgowe Bayern Mníchov porazil vo finále AS Saint-Étienne a stal sa tak tretím klubom, ktorý dokázal vyhrať Ligu majstrov v troch po sebe idúcich ročníkoch. Posledná trofej získaná v tejto ére bolo víťazstvo v Interkontinentálnom pohári. Vo finále porazili Cruzeiro.
1980te roky po súčasnosť
Osemdesiate roky boli obdobím veľkých zmien vo vedení a finančných ťažkostí. V Nemecku sa síce Bayernu Mníchov relatívne darilo, ale v Európe sa klub nepresadzoval. Úspech na európskom poli sa dostavil až v roku 1996 v pohári UEFA, keď vo finále podľahlo Bayernu Mníchov Bordeaux. Od roku 1998 až do roku 2004 bol Bayern Mníchov trénovaný Ottmarom Hitzfeldom, ktorý sa stal najúspešnejším trénerom klubu všetkých dôb. V Hitzfeldovej prvej sezóne Bayern Mníchov vyhral Bundesligu a bol blízko triumfu v Lige majstrov, vo finále však podľahol Manchesteru United 2:1. V roku 2001 Bayern Mníchov vyhral tretí ligový titul po sebe a po dvadsiatich piatich rokoch získal titul v Lige majstrov. Tentoraz sa finále rozhodlo až po penaltách, kde bol lepší Bayern Mníchov. V sezóne 2001/02 Bayern Mníchov vyhral svoj druhý Interkontinentálny pohár. V sezóne 2005/06 sa Bayern sťahoval do nového štadiónu, o ktorú sa delí s TSV 1860 München. V ligovom ročníku 2006/07 skončil Bayern až štvrtý, preto nastali veľké zmeny v kádri. Odišli napríklad hráči ako Owen Hargreaves, Claudio Pizzarro alebo Roy Makaay a naopak do kádra prišli futbalisti Luca Toni, Miroslav Klose a Franck Ribéry. Veľké nákupy sa oplatili a Bayern Mníchov dominoval nasledujúcemu ročníku Bundesligy, vyhral Nemecký pohár DFB Pokal a v pohári UEFA Bayern Mníchov zastavil až neskorší víťaz Zenitu Petrohrad. V lige majstrov prehral vo finále 2011/12 proti Chelsea FC. Bayern Mníchov je aktuálny víťaz Ligy Majstrov (2012/2013), keď sa mu podarilo poraziť v nemeckom finále vo Wembley Borussiu Dortmund 2:1.Sezóna 2012/2013 je pre Bayern Mníchov najúspešnejšou v histórii, pretože sa mu ako prvému nemeckému klubu podarilo vyhrať domácu Bundesligu, Nemecký pohár a Ligu Majstrov v jednom súťažnom ročníku. Okrem toho dosiahol viacero rekordov ako napríklad 91 bodov lige. V sezóne 2013/2014 sa FC Bayernu podarilo po 10. krát vyhrať domácu Bundesligu i Nemecký pohár v jednom ročníku. Momentálne už prebieha ďalšia sezóna 2014/2015 a to v Bundeslige, Nemeckom pohári i Lige Majstrov.