Stefani Joanne Angelina Germanotta sa narodila 28. marca 1986 v manhattanskej nemocnici Lenox Hill Hospital talianskym rodičom. Jej rodina je katolícky založená. Jej matka je Cynthia Louise „Cindy“ (Bissett), otec internetový podnikateľ Joseph Anthony „Joe“ Germanotta, Jr. Gaga má zo 75% talianske korene a má aj francúzsko-kanadské korene. Má mladšiu sestru Natali, ktorá študuje módu. Napriek svojej výchove v manhattanskej časti Upper West Side, Gaga priznala: „Obaja moji rodičia pochádzali z „nižšej vrstvy“, takže pracovali všade, kde sa dalo – moja matka pracovala od ôsmej do ôsmej, rovnako ako otec. “ Už ako dieťa prejavovala výrazný hudobný talent, na klavír hrala už ako 4-ročná. Od svojich 11-tich rokov začala študovať na súkromnej katolíckej škole Convent of the Sacred Heart.Svoje štúdium opísala ako veľmi oddané, snaživé a disciplinované, ale aj trochu neisté. „Skôr si zo mňa robili srandu, že som bola príliš provokatívna či výstredná, tak som sa to snažila zmierniť. Myslím, že som nezapadala a cítila som sa ako blázon.“[17] Hrala hlavné úlohy v muzikálových školských inscenáciách, vrátane Adelaide v Guys and Dolls a Philie v A Funny Thing Happened on the Way to the Forum. Objavila sa v malej úlohe nezbedného spolužiaka v televíznej dráme Sopranovci, v časti z roku 2001 s názvom „The Telltale Moozadell“.