Oblasť bola v čase objavu Európanmi v roku
1524 obývaná asi 5 000 indiánmi z kmeňa Lenape. Objaviteľom bol Giovanni da Verrazano,
taliansky cestovateľ v službách francúzskej koruny, ktorý miesto nazval Nouvelle Angouleme. Prvú európsku osadu pod názvom Nieuw
Amsterdam založili Holanďania na južnom cípe Manhattanu v roku 1614 s cieľom obchodovať s kožušinami.
Význam New Yorku ako prístavu pod britskou vládou rástol. V roku 1754 bola chartou udelenou Jurajom II. založená na dolnom Manhattane Columbijská univerzita, v tom čase pod menom Kings's College. Počas Americkej vojny za nezávislosť sa v meste odohrala séria bitiek známych pod názvom Newyorská kampaň. V roku 1789 sa v New Yorku zišiel Kongres a prvý prezident George Washington bol inaugurovaný v budove Federal Hall na Wall Street. V roku 1790 predstihol New York Philadelphiu ako najväčšie mesto Spojených štátov.
19. storočie pre mesto znamenalo prílev imigrantov a stály rozvoj. Vizionársky plán rozvoja z roku 1811 navrhoval rozšíriť sieť ulíc po celom Manhattane. V roku 1819 bol otvorený Erijský kanál, ktorý prepojil newyorský prístav s poľnohospodárskymi oblasťami na severe krajiny. Miestnu politiku ovládla Tammany Hall, politické zoskupenia vnútri Demokratickej strany kontrolovanej írskymi prisťahovalcami. Niektorí členovia obchodníckej aristokracie presadzovali zriadenie Centrálneho parku, ktorý nakoniec vznikol v roku 1857. V Manhattane aj v Brooklyne žila výrazná slobodná čierna menšina. Otroctvo v New Yorku existovalo do roku 1827, ale počas 30. rokov sa z New Yorku stalo jedno z centier abolicionizmu.
Hnev nad odvodmi do občianskej vojny (1861 – 1865) viedol v
roku 1863 k sérii nepokojov, ktorá bola jedným z najvýraznejších prípadov
občianskej neposlušnosti v histórii USA. V roku 1897 bola sformovaná moderná podoba New Yorku spojením Brooklynu (vtedy samostatného
mesta), okresu New York (ktoré vtedy obsahovalo časti Bronxu), okresu Richmond a západnej časti okresu Queens.[ Na prepojenie mesta
prispelo otvorenie metra v roku 1904.
Počas prvej polovice 20. storočia sa mesto stalo svetovým centrom priemyslu a obchodu. Bolo však postihnuté niekoľkých tragédiami. Roku 1904 zhorel v úžine East River parník General Slocum, čo si vyžiadalo 1021 obetí. V roku 1911 vypukol požiar firmy Triangle Shirtwaist Factory, ktorému podľahlo 146 ľudí, predovšetkým šičiek. Táto tragédia viedla k rastu odborov International Ladies 'Garment Workers' Union a k zvýšeniu bezpečnosti v továrňach.
V 20. rokoch bol New York hlavným cieľom čierneho obyvateľstva počas takzvanej Veľkej migrácie z južanských štátov. V roku 1916 sa New York stal domovom najväčšej černošskej komunity v Severnej Amerike. Černošský umelecký smer zvaný Harlemská renesancia prekvital v ére prohibície a obrovského ekonomického rastu, ktorý sa prejavoval výstavbou, pre New York charakteristických, mrakodrapov. V roku 1931 bola postavená budova Empire State Building. New York sa v roku 1948 stal najľudnatejším mestom sveta, keď predstihol Londýn, ktorý sa na prvom mieste držal dlhšie ako sto rokov. Počas veľkej hospodárskej krízy bol v roku 1934 za starostu zvolený reformátor Fiorello La Guardia, čím bola ukončená osemdesiatročná nadvláda Tammany Hall.
Veteráni druhej svetovej vojny a imigranti z Európy sa podieľali na povojnovom rozvoji mesta, ktorý symbolizoval napríklad rad domov v južnom Queense. New York získal po vojne pozíciu globálnej metropoly s Wall Street ako ekonomickým centrom sveta, sídlom OSN ako centrom svetovej diplomacie a vďaka rozvoju abstraktného expresionizmu sa z New Yorku stalo aj hlavné mesto svetovej kultúry. V 60. rokoch postihli mesto ekonomické problémy, rasové napätie a rast kriminality, ktoré dosiahli vrchol v 70. rokoch.
V roku 1973 boli postavené budovy Svetového obchodného centra (WTC, tzv. „Dvojičky“). Na severnú vežu bol uskutočnený bombový teroristický útok vo februári 1993, trhavinou uloženou v aute. Obe budovy boli zničené pri ďalšom teroristickom útoku dvomi úmyselnými leteckými kolíziami s vežami 11. septembra 2001. V budovách zahynulo takmer 3000 ľudí. V roku 2012 by na mieste útokov mal byť dokončený mrakodrap Freedom Tower.
